A partir de la version 5.0 de Qubes la mise à jour automatique des postes clients est prise en charge par le service de middleware SDB P2PProxy, les clients Qubes devront donc être configuré avec une connexion P2PProxy (dans QuickAliasEditor, « Type de serveur » à P2P ou un via « P2P/SDB » défini).
Les informations de mise à jour (fichiers de configuration, exécutables, etc.) sont quand à elles par défaut dans le sous-dossier « Updates » de Program Files\Creative IT. Un fichier update.txt décris les fichiers devant être mis à jour et la manière dont les mises à jour doivent se dérouler.
Pour les installations de type TSE, il est toujours recommandé d’effectuer la mise à jour par le biais d’un administrateur, qui l’effectuera sur un dossier partagé aux différents comptes utilisateurs.